La fédération de microbiologie est en charge du diagnostic biologique des maladies infectieuses. Son activité de conseil s’étend du prélèvement des échantillons jusqu’à l’interprétation finale des résultats.

Elle est composée de 5 services :

• Bactériologie
• Hygiène
• Parasitologie-mycologie dont le CNR cryptosporidioses microsporidies et autres protozooses digestives
• Virologie
• Microbiologie génomique