Exposés
2012
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String inference from integer arrays
Arnaud Lefebvre
I3S Seminar , Université de Nice – Sophia-Antipolis, France, February 2012
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2001-2010: Ten Years of Exact String Matching Algorithms
Simone Faro and T. Lecroq
London Stringology Days / London Algorithmic Workshop 2012, LSD and LAW 2012, London, UK, February 2012
Talk given by T. Lecroq
2011
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2001-2010: Ten Years of Exact String Matching Algorithms
Simone Faro and T. Lecroq
SeqBio 2011: Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Lille, France, December 2011
Talk given by T. Lecroq
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Spell-checking queries by combining Levenshtein and Stoilos distances
Zied Moalla, Lina Soualmia, Élise Prieur-Gaston, Thierry Lecroq and Stefan Darmoni
NETTAB 2011, Pavia, Italy, October 2011
Talk given by T. Lecroq
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EVA: Exome Variation Analyzer, a convivial tool for filtering strategies
Sophie Coutant, Arnaud Lefebvre, Martine Léonard, Élise Prieur-Gaston, Dominique Campion, Thierry Lecroq, and Hélène Dauchel
NETTAB 2011, Pavia, Italy, October 2011
Talk given by T. Lecroq
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2001-2010: Ten Years of Exact String Matching Algorithms
Simone Faro and Thierry Lecroq
Prague Stringology Conference, Prague, Tcheque Republic, August 2011
Talk given by T. Lecroq
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Computing Abelian periods in words
Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Élise Prieur-Gaston
Séminaire MaMuX IRCAM Paris 20 mai 2011
Talk given by A. Lefebvre
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An Efficient Motif Search Algorithm based on a minimal Forbidden Patterns Approach
Tarek El Falah, Thierry Lecroq, and Mourad Elloumi
Séminaire MaMuX IRCAM Paris 20 mai 2011
Talk given by T. Lecroq
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An Efficient Motif Search Algorithm based on a Minimal Forbidden Patterns Approach
Tarek El Falah, Thierry Lecroq, and Mourad Elloumi
5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, Salamanca (Spain),
7th April, 2011Talk given by T. El-Falah
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Des mots et des tableaux – Mais à qui est ce tableau ?
Arnaud Lefebvre
École Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématique 31 mars 2011 à Amiens
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Exome Variations Analyzer
Sophie Coutant
Bioinformatics and High Throughput Sequencing – 2011, 22 mars 2011, Institut Pasteur, Paris
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Développement de l’outil bioinformatique EVA (Exome Variation Analyzer) pour l’aide à l’interpr&eaute;tation des données de séquençage haut débit
Sophie Coutant
Atelier du réseau des laboratoires de diagnostic moléculaire des maladies gén´tiques neurologiques, musculaires, neurosensorielles et retards mentaux, Cochin, Paris, 18 mars 2011
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Computing Abelian Periods
Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Elise Prieur-Gaston
London Stringology Days / London Algorithmic Workshop 2011 LSD & LAW 2011 February 8 2011
Talk given by T. Lecroq
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Computing Abelian Periods in Words
Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Elise Prieur-Gaston
Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique Rennes, 10 janvier 2011
Talk given by G. Fici
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A solution to index large set of short reads slides
Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thierry Lecroq, Martine Léonard, Therese Commes and Eric Rivals
Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique Rennes, 10 janvier 2011
Talk given by M. Salson
2010
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Indexing Structures and Next Generation Sequencing (NGS)
Thierry Lecroq
Communication invitéee aux Journées Montoises, Amiens, France, septembre 2010
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Alignments in 2D and efficient pattern matching on encoded binary strings slides
Thierry Lecroq
Communication invitée au workshop Optimization and Learning : Theory, Algorithms and Applications, Metz, France, juin 2010
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Counting different palindromes in a word in linear time
Richard Groult, Élise Prieur and Gwénaël Richomme
Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Montepllier, France, 26 janvier 2010
Talk given by R. Groult
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Coût d’une mise à jour de la table des suffixes
Martine Léonard, Laurent Mouchard and Mikaël Salson
Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Montepllier, France, 26 janvier 2010
Talk given by M. Salson
2009
- [anglais] Dynamic Suffix Array with experiments and a specific emphasis on LCP arrays (M. Salson)
Stringology Research Workshop 09
Tel-Aviv, Israel, avril 2009 - [français] Construction directe d’un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales (É. Prieur)
Séminaire de l’équipe Algo du GREYC
Caen, France, mars 2009 - [français] Compression et mise à jour des structures d’indexation (M. Salson)
Séminaire de l’équipe MAB du LIRMM
Montpellier, France, février 2009 - [français] Applications de la transformée de Burrows-Wheeler (M. Salson)
Journée des doctorants de l’École Doctorale SPMII
Saint-Étienne-du-Rouvray, France, février 2009 - [français] Mise à jour de la table des suffixes (M. Salson)
Séminaire de l’équipe SEQUOIA du LIFL
Lille, France, février 2009 - [anglais] Dynamic Extended Suffix Arrays (M. Salson) transparents
London String Days and London Algorithmics Workshop
London, UK, février 2009
2008
- [français] Structures d’indexation : compression et mise à jour (M. Salson)
Séminaire de l’équipe Algo du GREYC
Caen, France, novembre 2009 - [français] Algorithmique du texte et nouvelles technologies de l’information (T. Lecroq) transparents
Fête de la Science
Saint-Étienne-du-Rouvray, France, novembre 2008 - [anglais] Dynamic Burrows-Wheeler Transform (M. Salson) transparents
Prague Stringology Conference
Prague, République Tchèque, septembre 2008 - [anglais] Efficient Variants of the Backward-Oracle-Matching Algorithm (S. Faro) transparents
Prague Stringology Conference
Prague, République Tchèque, septembre 2008 - [français] Une nouvelle heuristique pour l’alignement de motifs 2D par programmation dynamique (A. Pauchet) transparents
Journées Francophones de Planification, Décision et Apprentissage pour la conduite des systèmes
Metz, France, juin 2008 - [anglais] Dynamic Burrows-Wheeler Transform (M. Salson)
Séminaire du département d’informatique du King’s College London
London, UK, mai 2009 - [anglais] Global and local alignements in 2D (T. Lecroq) transparents
London String Days and London Algorithmics Workshop
London, UK, février 2008 - [français] Les structures d’index : les vecteurs de suffixes (É. Prieur)
Séminaire TIBS
Rouen, France, janvier 2008
2007
- [anglais] Efficient validation and generation of Knuth-Morris-Pratt arrays (A. Lefebvre)
Conference in Honor of Donald E. Knuth
Bordeaux, France, octobre 2007 - [français] Énumeration et caractérisation des arbres compacts des suffixes (N. Philippe) transparents
Journées Algorithmique, combinatoire du texte et applications à la bioinformatique
Marne-la-Vallée, France, septembre 2007 - [français] Validation et génération de tableaux de Knuth-Morris-Pratt (T. Lecroq) transparents
Journées Algorithmique, combinatoire du texte et applications à la bioinformatique
Marne-la-Vallée, France, septembre 2007 - [français] Construction directe d’un vecteur de suffixes compact (É. Prieur)
Journée des doctorants du LITIS
Rouen, France, mai 2007 - [français] Algorithmes rapides pour la recherche de mot (T. Lecroq) transparents
Séminaire Combinatoire et Algorithmes du LITIS
Rouen, France, avril 2007 - [français] Construction directe d’un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales (É. Prieur)
Séminaire au LIFL
Lille, France, mars 2007 - [anglais] Fast string matching algorithms (T. Lecroq) transparents
London Algorithms Workshop
London, UK, février 2007