Chapitres d’ouvrages

Chapitres d’ouvrages internationaux

Medical Vocabularies, Terminological Resources and Information Coding in the Health Domain.
Duclos, C., Burgun, A., Lamy, J.B., Landais, P., Rodrigues, J.M., Soualmia, L.F., Zweigenbaum, P.
2014 In Book : Medical Informatics, e-Health, Health Informatics. Chapter 2, pp. 11–41. Springer-Verlag.


Articles dans des revues avec comité de lecture

Revues internationales

Validating the Semantics of a Medical Iconic Language using Ontological Reasoning.
Lamy, J.B., Soualmia, L.F., Kerdelhué, G., Duclos, C., Venot, A.
2013 Journal of Biomedical Informatics, Volume 46, Number 1, pp. 56–67.

A MEDLINE Categorization Algorithm.
Darmoni, S.J., Névéol, A., Renard, J.M., Gehanno, J.F., Soualmia, L.F., Dahamna, B., Thirion, B.
2006 BMC Medical Informatics and Decision Making. Volume 6, Number 7.

Combining Different Standards and Different Approaches for Health Information Retrieval in a Quality-Controlled Gateway.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2005 International Journal of Medical Informatics. Volume 74, Number 2–4, pp.141–150.

Using CISMeF MeSH « Encapsulated » Terminology and a Categorization Algorithm for Health Resources.
Névéol, A., Soualmia, L.F., Douyère, M., Rogozan, A., Thirion, B., Darmoni, S.J.
2004 International Journal of Medical Informatics. Volume 73, Number 1, pp. 57–64.

Enhancing the MeSH Thesaurus to Retrieve French online Health Resources in a Quality-Controlled Gateway.
Douyère, M., Soualmia, L.F., Névéol, A., Rogozan, A., Dahamna, B., Leroy, J.P., Thirion, B., Darmoni, S.J.
2004 Health Information and Libraries Journal, Volume 21, Number 4, pp. 253–261.


Communications avec actes dans des conférences

Conférences internationales

Integrating and Retrieving Omic Data in Electronic Health Records.
Cabot, C., Soualmia, L.F., Grosjean , J., Lelong, R., Darmoni, S.J.
2015 In proceedings of the 7th International Workshop on Knowledge Representation for Health Care (KRH4C), in conjunction with the 15th International Conference on Artificial Intelligence in MEdicine, pp. 154–159, Pavia.

Omic Data Modelling for Information Retrieval.
Cabot, C., Grosjean, J., Lelong, R., Lefebvre, A., Lecroq, T., Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2014 In proceedings of the 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Granada, pp. 415–424, Copicentro Editorial.

Comparing BioPortal and HeTOP : towards a Unique Biomedical Ontology Portal ?
Grosjean, J., Soualmia, L.F., Bouarech, K., Jonquet, C., Darmoni, S.J.
2014 In proceedings of the 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Granada, pp. 227–237, Copicentro Editorial.

An Approach to Compare Bio-Ontologies Portals.
Grosjean, J., Soualmia, L.F., Bouarech, K., Jonquet, C., Darmoni, S.J.
2014 In proceedings of the 25th European Medical Informatics Conference (MIE), Istanbul, Studies in Health Technolgy and Informatics, Volume 205, pp. 1008–1012, IOS Press.

Integrating the Human Phenotype Ontology into HeTOP Terminology-Ontology Server.
Grosjean, J., Mérabti, T., Soualmia, L.F., Letord, C., Charlet, J., Robinson, P., Darmoni, S.J.
2013 In proceedings of the 14th World Congress on Medical Informatics (MEDINFO), Copenhagen, Studies in Health Technologies and Informatics, Volume 192, pp. 961, IOS Press.

Multi-Terminology Cross-Lingual Modeling in the Health Terminology/Ontology Portal.
Grosjean, J., Mérabti, T., Griffon, N., Dahamna, B., Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2012 In proceedings of the American Medical Informatics Association Symposium (AMIA), Chicago. (Poster)

Health Multi-Terminology Portal: a Semantics Added-Value for Patient Safety.
Grosjean, J., Mérabti, T., Dahamna, B., Kergourlay, I., Thirion, B., Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2011 In proceedings of Patient Safety Informatics-Adverse Drug Events, Human Factors and IT Tools for Patient Medication Safety (PSIP), Paris, Studies in Health Technology and Informatics, Vol.166, pp.129–138, IOS Press.

Evaluation of Multi-Terminology Super-Concepts for Information Retrieval.
Griffon, N., Soualmia, L.F., Névéol, A., Massari, P., Thirion, B., Dahamna, B., Darmoni, S.J.
2011 In proceedings of the 23th International Congress of the European Federation for Medical Informatics (MIE), Oslo, Studies in Health Technology and Informatics, Vol.169, pp. 492–496, IOS Press.

Improving Information Retrieval by Meta-Modelling Medical Terminologies.
Soualmia, L.F., Griffon, N., Grosjean, J., Darmoni, S.J.
2011 In proceedings of the 13th conference on Artificial Intelligence in MEdicine (AIME), Bled, Lecture Notes in ArtificiaI Intelligence # 6747, pp.215–219, Springer.

Modeling, Building and Evaluating an Ontology for the Automatic Characterization of Adverse Drug Effects during Pharmacovigilance.
Duclos, C., Soualmia, L.F., Krivine, S., Jamet, A., Lillo-Louët, A.
2010 In proceedings of the 13th World Congress on Medical Informatics (MEDINFO), Cape Town, Studies in Health Technology and Informatics, Volume 160, Part 2, pp. 1005–1009, IOS Press.

Combining Knowledge-Based Methods to Refine and Expand Queries in Medicine.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2004 In proceedings of the 6th International Conference on Flexible Query-Answering Systems (FQAS), Lyon, Lecture Notes in Computer Science # 3055, pp. 243–255, Springer.

Representing the MeSH in OWL : towards a Semi-Automatic Migration
Soualmia, L.F., Golbreich, C., Darmoni, S.J.
2004 In proceedings of the 1st International Workshop on Formal Biomedical Knowledge Representation (KRMeD – in conjunction with KR), Whistler, CEUR Workshops Proceedings, Number 102, pp. 81–87.

Metadata Element Sets in the CISMeF Quality-Controlled Health Gateway.
Thirion, B., Douyère, M., Soualmia, L.F., Dahamna, B., Leroy, J.P., Darmoni, S.J.
2004 In proceedings of the DCMI International Conference on Dublin Core and Metadata Applications (DC), Shangaï, pp. 179–186.

Knowledge-Based Query Expansion over a Terminology oriented Ontology on the Web.
Soualmia, L.F., Barry, C., Darmoni, S.J.
2003 In proceedings of the 9th International Conference on Artificial Intelligence in MEdicine (AIME), Protaras, Lectures Notes in Artificial Intelligence # 2780, pp. 209–213, Springer.

Modelisation of Consumer Health Information in a Quality-Controlled Gateway.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J., Douyère, M., Thirion, B.
2003 In proceedings of the 18th International Congress of the European Federation for Medical Informatics (MIE), Saint-Malo, Studies in Health Technology and Informatics, Volume 95, pp. 701–706, IOS Press.

Health Consumer Information in a Quality-controlled Gateway.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J., Thirion, B., Douyère, M.
2002 In proceedings of the American Medical Informatics Association Symposium (AMIA), Washington, pp. 1168.

Description Logics : a Modelling Support for Automatic Cataloguing in E-Commerce.
Soualmia, L.F.
2001 In proceedings of the 8th Research Symposium on Emerging Electronic Markets (RSEEM), Maastricht, pp. 73–86.

Schema Extraction for Semi-Structured Data.
Hacid, M.S., Soualmia, L.F., Toumani, F.
2000 In proceedings of the 2000 International Workshop on Description Logics (DL), Aachen, pp.133–142.


Conférences francophones

Intégration de Données Cliniques et Omiques pour la Recherche d’Information dans le Dossier Patient Informatisé.
Cabot, C., Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2015 Actes des 26èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC), associées à la Plateforme de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, Rennes. pp. 183-193.

OMIC-Onto : une Ressource pour l’Indexation et la Recherche d’Outils Omiques.
Henry, V., Grosjean, J., Soualmia, L.F., Bandrowski, A., Gonzalez, B.,Darmoni, S.J., Desfeux, A.
2015 Actes des Journées Ouvertes en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Clermont-Ferrand (Poster).

Validation de la Sémantique d’un Langage Iconique Médical à l’aide d’une Ontologie : Méthodes et Applications.
Lamy, J.B., Soualmia, L.F., Venot, A., Duclos, C.
2014 Actes des 25èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC), Clermont-Ferrand, pp. 51–62.

Le Portail Multi-Terminologique en Santé.
Grosjean, J., Soualmia, L.F., Mérabti, T., Dahamna, B., Kergourlay, I., Thirion, B. et Darmoni, S.J.
2011 Actes du 1er Symposium sur l’Ingénierie de l’Information Médicale (SIIM), Toulouse, pp. 57–69.

Construction Automatique d’Ontologies à partir d’une Base de Données Relationnelles : application au Médicament dans le Domaine de la Pharmacovigilance.
Krivine, S., Nobécourt, J., Soualmia, L.F., Cerbah, F., Duclos, C.
2009 Actes des 20èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC), Tunis, pp. 73–84.

Une Terminologie du Domaine Médical : Structure et Exploitation.
Soualmia, L.F. , Névéol, A., Douyère, M., Thirion, B., Rogozan, A., Darmoni, S.J.

2004 Journée « Terminologie, Ontologie et Représentation des Connaissances », Lyon.

Une Terminologie Orientée Ontologie pour la Recherche d’Information sur la Toile.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2003 Actes des 1ères Journées Francophones de la Toile (JFT), Tours, pp. 185–194.

Étude du Web Sémantique : vers une Recherche d’Information Intelligente en Santé.
Soualmia, L.F., Darmoni, S.J.
2003 Comptes-rendus des 10èmes Journées Francophones d’Informatique Médicale (JFIM), Tunis, Informatique et Santé, Springer.

Utilisation des Propriétés Sémantiques de la Terminologie CISMeF pour la Catégorisation de Ressources de Santé.
Névéol, A., Soualmia, L.F., Rogozan, A., Douyère, M., Darmoni, S.J.
2003 Comptes-rendus des 10èmes Journées Francophones d’Informatique Médicale (JFIM), Tunis, Informatique et Santé, Springer.

Modélisation et Représentation des Connaissances dans un Catalogue de Santé.
Soualmia, L.F., Barry-Gréboval, C., Abdulrab, H., Darmoni, S.J.
2002 Actes des 13èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC), Rouen, pp.139–149.

Une Approche Logique pour le Commerce Électronique.
Soualmia, L.F.
2001 Actes de la Conférence Internationale des Nouvelles Technologies de l’Information et de la Communication (NîmesTIC), Nîmes. Journées thématiques (sélection sur résumé)


Autres communications

Integrating Omic and Clinical data in Electronic Health Records for Visualisation and Retrieval.
Cabot, C., Grosjean, J., Lelong, R., Lefebvre, A., Lecroq, T., Soualmia, L.F. , Darmoni, S.J.
2014 3eme Journée Scientifique de l’IRIB, pp. 64, Caugé.

Représentation des Médicaments en Pharmacovigilance.
Duclos, C., Soualmia, L.F. , Krivine, S.
2009 Journée thématique GdR-STIC-Santé : Systèmes d’information pour la détection du signal et la gestion des connaissances en pharmacovigilance, Paris.

The MeSH Thesaurus : Structure and Translation into OWL.
Soualmia, L.F. , Dahamna, B.
2005 Project NOESIS Platform for Wide Scale Integration and Visual Representation of Medical Intelligence, 1st Annual Seminar, Ontologies in Medicine Design and Use, Grenoble.

Représentation du Thésaurus MeSH et de la Terminologie CISMeF en OWL.
Soualmia, L.F. , Dahamna, B., Darmoni, S.J.
2004 Journée du GDR STIC-Santé, Web Sémantique Médical, Rouen.

Étude et Évaluation d’Approches Multiples de Projection de Requêtes pour une Recherche d’Information Intelligente : Application au Domaine de la Santé sur l’Internet.
Soualmia, L.F.
2004 Actes des journées doctorants 2004 du laboratoire PSI. Éditeur : Philippe Leray.

CISMeF dans l’Infrastructure du Web Sémantique.
Soualmia, L.F. , Névéol, A., Dahamna, B., Douyère, M., Thirion, B., Darmoni, S.J.
2003 Journée Web Sémantique Médical, action spécifique du CNRS « Ingénierie des Connaissances et Santé », Rennes.

Étude et Évaluation d’Approches Multiples de Projection de Requêtes pour une Recherche d’Information Intelligente : Application au Domaine de la Santé sur l’Internet.
Soualmia, L.F.
2003 Actes des journées doctorants 2003 du laboratoire PSI.
Éditeur : Philippe Leray.

Modélisation des Informations dans un Catalogue de Santé sur l’Internet
Soualmia, L.F. , Douyère, M., Thirion, B., Darmoni, S.J.
2002 Journée Ingénierie des Connaissances et Santé, Paris.


Mémoires

Gestion des Connaissances pour l’Accès aux Informations en Santé.
2015 Habilitation à Diriger les Recherches de l’Université de Rouen. 223 pages.

Étude et Évaluation d’Approches Multiples de Projection de Requêtes pour une Recherche d’Information Intelligente : Application au Domaine de la Santé sur l’Internet.
2004 Thèse en informatique de l’INSA de Rouen. 310 pages.

Recherche de Structure dans les Bases de Données Semi-structurées : Utilisation des Logiques de Description.
1999 Rapport de stage de DEA, Informatique, Productique et Imagerie Médicale, Université Blaise Pascal -Clermont II. 80 pages.


Rapports de recherche et développement

Duclos, C., Soualmia, L.F. , Lamy, J.B.
Navigateur pour l’Affichage des Informations sur les Effets Indésirables Médicamenteux à partir de Documents Hétérogènes : Documentation des Cas Notifiés de Pharmacovigilance à partir de l’Ontologie des Effets Indésirables des Médicaments : Structure des Données et Spécifications d’Interfaces. 2011. 20 pages (LIM&Bio)

Duclos, C., Soualmia, L.F.
Évaluation des Ressources Ontologiques et Recommandation pour leur Maintenance : Médicaments et Effets Indésirables.
2010 ANR VigiTermes LIM&Bio ANR-07-TECSAN-026-04.

Duclos, C., Soualmia, L.F. , Krivine, S.
2009 Rapport Semestriel d’Activité n°3/4. ANR-07-TECSAN-026-04.

Gomez Perez, A., Corcho, O., Fernandez Lopez, M., Lehtola, A., Taveter, K., Sowa, J., Kapyla, T. , Soualmia, L.F. , Toumani, F., Barboux, C., Castro, E. Sallantin, J., Arbant, G., Bonaric, A.
Requirements, Choice of a Knowledge Representation and Tools,
2001 Rapport interne du projet MKBEEM (Multilingual Knowledge-Based European Electronic Marketplace, EC IST-1999-10589), 126 pages ; rapport public : 89 pages.