PubMed mode d'emploi : l'aide d'IGM, ancienne version [Bibliothèque médicale] [Medline] [Abridged English version]
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Mis à jour le 28 mai 2001. Ce document est un support de cours ; il est donc sommaire et nécessite un commentaire. Cette version de PubMed ne sera pas maintenue après mars 2000. Voir PubMed mode d'emploi : l'aide d'IGM, version bêta

Medline?
Les accès gratuits
L'accès PubMed
Le site PubMed
De la nécessité d'utiliser les mots clés MeSH
Consulter le thésaurus, trouver les mots clés MeSH
Recherche express
Sauvegarde des stratégies et profils
Internet Grateful Med (IGM)
Ce qu'il faut savoir
Pour en savoir plus
Exemples de recherches

Medline ?

Base de données bibliographiques produite par la National Library of Medicine (NLM-USA), Medline couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, toxicologie, médecine vétérinaire.

4255 titres sont actuellement indexés sur PubMed (juin 1999) dont 86 revues éditées en France. Consulter Journal Database Browser de PubMed qui donne accès aux titres, abbréviations et ISSN des revues indexées. A noter que la NLM a récemment ajouté à cette liste une douzaine de titres concernant les patients. Par ailleurs, la NLM a mis en ligne depuis peu MEDLINEplus, destiné à l'information du "grand public".
Contenu de Medline : plus de 11  millions (source NLM) de références environ depuis 1966. Les résumés sont présents pour à peu près 70% des références. La mise à jour est quotidienne.
Monographies et résumés de congrès ne sont pas indexés.

Les périodiques ont trois niveaux différents de priorité d'indexation, leur délai d'apparition dans la base variant d'autant. Ceci explique que certaines références d' articles apparaissent plusieurs mois voire plus d'un an après leur parution.

Medline ne couvre pas la littérature médicale du monde entier. Aucune base de données n'est exhaustive, et selon les sujets, si Medline donne peu de résultats, il conviendra de s'orienter sur d'autres bases comme Aidsline, Embase, Toxline, etc ... En aucun cas une recherche infructueuse sur Medline permet d'affirmer qu'il n'existe pas de références dans la littérature sur un sujet donné.

Les accès gratuits

Ils se multiplient depuis quelques mois, et il devient très difficile de se faire une idée précise de ce qu'ils recouvrent exactement. Quelques sites ont commencé un travail de comparaison de ces différentes versions, voir cette page.

L'accès PubMed

De tous les accès gratuits à Medline, PubMed semble le plus intéressant. Expérimental durant quelques mois, l' annonce officielle de son lancement a été faite par le Vice Président Gore le 26 juin 1997. C'est donc une volonté délibérée du gouvernement américain de mettre gratuitement Medline à disposition sur l'Internet. PubMed est une réalisation du National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM. Trois caractéristiques de PubMed : PreMedline, Related articles, PubMed Journals Full Text et PubMed Central.

PreMedline est une base de données incluse dans Medline et contenant les références venant d'être collectées par la NLM, mais pas encore indexées avec les mots clés MeSH (Medical Subject Headings) du thésaurus. Elles sont néanmoins accessibles par les mots du titre, du résumé, ou par le nom de l'auteur. La mise à jour de PreMedline est quotidienne. Les références sont souvent fournies par les éditeurs eux-mêmes.

Le lien Related articles est un algorithme qui permet, au vu d'une référence pertinente, de retrouver les références similaires d'un clic de souris. Ceci permet aussi, comme le mentionne Science du 23 janvier, de détecter les fraudes bibliographiques ! [Medline Searches Turn Up Cases of Suspected Plagiarism [et] The Internet : A Powerful Tool for Plagiarism Sleuths by E. Marshall. - In Science, 1998, 279, pp 473-4].

PubMed Journals Full Text propose un lien vers le texte intégral de plusieurs centaines de revues. La plupart ne sont accessibles que par abonnement.

PubMed Central est un projet du NIH visant à créer une base documentaire en libre-accès dans les sciences de la vie.Voir aussi les autres projets de preprints en biomédecine.

Le site PubMed

La page d' accueil donne accès à la zone de recherche en mode basique et pointe sur plusieurs documents. Il est vivement conseillé de lire Overview et Help : last updated January 1999 afin de mieux comprendre comment se servir de cet outil. Les autres liens permettent de consulter les sites en rapport avec PubMed tels Internet Grateful Med, la NLM, le NIH et le NCBI, des informations au sujet des Clinical Alerts, Clinical Queries, ainsi que le Citation Matcher qui permet aux utilisateurs de faire un lien de leurs citations vers PubMed et de retrouver aisément des références bibliographiques qui sont incomplètes ou dont certaines données sont erronées (Citation Matcher for Single Articles).

Attention aux pièges de la recherche en mode basique, exemples sur la page de la version bêta.
Pour la recherche, il est conseillé d'utiliser plutôt Advanced Search qui offre beaucoup plus de possibilités que le mode basique sans en accroître la complexité.

De la nécessité d'utiliser les mots clés MeSH

un exemple significatif : recherche de références sur la récidive de tumeurs.

recurrence [All Fields] --> 133 446 documents
Neoplasm Recurrence, Local --> 33 425 documents

La recherche effectuée par mots clés MeSH donne un bien meilleur résultat. De plus une analyse plus approfondie de ces résultats (non détaillée ici) montre que les documents non indexés avec les mots clés MeSH sont les moins pertinents. Il faut donc autant que possible utiliser les mots-clés MeSH. D'où la nécessité de consulter le thésaurus. Sauf si l'on est certain que le terme recherché ne souffre d'aucune synonymie, ce qui est très rare.
Voir aussi MeSH terms must be used in Medline searches par M. Clarke in BMJ 1997 Apr 19; 314(7088): 1203.

Consulter le thésaurus, trouver les mots clés MeSH

La mise à jour de janvier 1998 permet maintenant la consultation de la partie hiérarchisée du thesaurus (19768 termes dans sa version 2000 ; source NLM) à partir du MeSH Browser (accessible sur la page d'accueil et aussi à partir de Advanced Search). Ce "Browser" donne également accès au "mapping" de PubMed qui permet de retrouver les termes MeSH à partir d'un terme non MeSH, comme on peut le faire sur IGM.
Néanmoins le "mapping" de PubMed semble actuellement beaucoup moins puissant que celui d'IGM (remarque). En effet le terme "Recurrence" par exemple recherché dans PubMed n'apporte que le terme MeSH "Recurrence". Il faut consulter Detailed Display pour découvrir "Neoplasm Recurrence, Local". IGM signale d'emblée "Recurrence", mais aussi "Neoplasm Recurrence, Local", "Local Pathologic Processes", "Disease", "Neoplastic Processes Neoplasm, Residual". Même problème pour "Anorexia". Il est donc fortement conseillé de continuer encore à utiliser IGM, au moins pour le "mapping".
De plus, les informations fournies par la NLM sur l'utilisation et l'historique des mots clés sont plus complètes sur IGM (Additional MeSH Information). Enfin, les définitions des qualificatifs sont accessibles seulement sur IGM (mais voir aussi le MeSH 2000 browser de la National Library of Medicine. Accès aux MeSH Tree Structures, Scope Note, synonymes, annotations, qualificatifs, ...). Aussi, nous considérons toujours l'aide d'IGM comme nécessaire et pouvant fournir des informations complémentaires de valeur. Voir IGM.
En revanche, l'arborescence du MeSH de PubMed nous semble plus claire que celle d'IGM.

Pour consulter le thesaurus via PubMed, choisir donc le MeSH Browser, entrer un terme de recherche, puis cliquer sur Browse (on peut aussi consulter l'arborescence dans sa totalité par le lien Start at the top of the tree). Si le terme n'est pas MeSH, PubMed affiche une liste de termes MeSH voisins. Choisir le plus approprié et cliquer sur Browse this term.
Dans les deux cas, l'écran suivant propose

• une définition du mot-clé (extraite de la Scope Note)
• Detailed Display qui donne accès aux qualificatifs utilisables avec ce terme, à la commande de pondération (MeSH Major Topic ; focus chez Ovid) et à la possibilité de ne pas exploser ce terme (sinon, l'explosion est automatique par défaut). Attention, les qualificatifs aussi sont explosés par défaut, selon ces arborescences.
• Add To Query qui permet de valider la demande et donne accès à une nouvelle recherche possible de mots-clés en conservant la question précédente : enter another MeSH term to browse et ainsi de suite. PubMed propose de lier les questions entre elles par les opérateurs AND, OR. Pour avoir accès à BUTNOT, il faut consulter Detailed Display
• des renvois d'orientation parfois mentionnés See Also
• la consultation de l'arborescence propre au terme MeSH retenu et la navigation dans la (ou les) branche affichée. Ceci permet d'élargir ou au contraire restreindre une recherche.

Lorsque la stratégie de recherche est compléte, cliquer sur Return To PubMed. Le résultat s'affiche alors. A ce stade, il semble impossible actuellement de retourner en arrière pour introduire si nécessaire une autre recherche de mot clé . La solution peut donc être d'ouvrir une deuxième fenêtre du navigateur directement sur le MeSH Browser et de "copier/coller" les résultats sur PubMed en ayant choisi MeSH Terms dans Search Field (laisser en mode automatique) puis valider. Pour effectuer une recherche plus exhaustive encore et surtout plus à jour, c'est à dire avec en plus les références de PreMedline,  utiliser le champ All Fields qui inclut entre autres, mots du titre et du résumé, termes MeSH explosés et qualificatifs.

Pour reprendre la main sur la stratégie ou changer d'opérateur booléen, se reporter en bas de page ou sont mémorisées toutes les étapes. Il suffit alors d'activer telle ou telle étape avec les opérateurs AND, OR ou BUTNOT.
Pour visualiser les documents cliquer sur le résultat de la recherche, les références s'affichent en format court (premier auteur, titre, source). Cliquer sur Display pour afficher résumés (Abstract report) ou résumés + mot clés MeSH (Citation report). Le format "Medline Report" permet le rapatriement des données dans des bases documentaires type Procite, Endnote, etc...

Astuce de recherche : entrer l'expression recherchée ou les termes les plus importants reliés par l'opérateur "AND" dans le champ Title Word, accessible en cliquant sur Limits, et activer le lien Related Articles au vu des références les plus pertinentes.

Sauvegarde et profils

Copier/coller la stratégie de recherche, exemple :
 ((pain[MeSH Terms] AND morphine[MeSH Terms]) AND (1990[Publication Date] : 2000[Publication Date])) 
sur la page Advanced boolean search et cliquer sur "Search". L'URL apparaissant alors exprime exactement la question posée et peut être sauvegardée sous forme de signet/favori ou autre, puis réexécutée à volonté.

En ce qui concerne les profils, on peut avantageusement utiliser J.A.D.E Journal Articles Delivered Electronically, service du National Center for Emergency Medicine Informatics (Us), qui permet de créer des profils hebdomadaires.

Internet Grateful Med

Ne sont pas évoqués ici les différents modes de recherche sur IGM qui ne sont pas l'objet de ce document, mais seulement les fonctionnalités de consultation du thésaurus.

De la page d'accueil, cliquer directement sur Medline. Entrer un terme de recherche, exemple "bladder cancer", et cliquer en haut de page sur Find MeSH/Meta Term. IGM affiche alors le Metathesaurus Browser Screen. L'algorithme utilisé par IGM permet l'affichage du ou des mots clés MeSH les plus proches de la requête formulée (le mapping d'Ovid est assez similaire). Les mot-clés correspondant au thesaurus de Medline commencent par une majuscule ou contiennent un ou plusieurs termes avec une majuscule comme "alpha-Linolenic Acid". Lorsque les termes sont intégralement en minuscule, ils correspondent à des termes du Metathesaurus "non-hiérarchiquement" MeSH, et aussi aux qualificatifs. Cliquer sur celui correspondant le mieux à la question posée, en l'occurrence "Bladder neoplasms". Le Metathesaurus Information Screen permet alors de consulter entre autres :

• le concept
• la définition du mot clé
• l'arborescence du MeSH (MeSH Tree Context(s))
• la "Scope Note" (Additional MeSH Information)

Le concept permet d'accéder aux commandes de pondération et à la liste des qualificatifs. Ceux-ci permettent de limiter une recherche faite par mots clés à des aspects particuliers, comme la chirurgie ou l'étiologie pour une maladie, la physiologie et l'anatomie pour un organe, etc ... IGM permet la consultation des qualificatifs et des conseils pour leur utilisation.
Le MeSH Tree Context(s) permet la navigation au sein de l'arborescence du thesaurus.
La "Scope Note" donne l'historique éventuel et quelques conseils d'utilisation des "MeSH terms".
Lorsque le temps de réponse est trop long, se reconnecter à partir de la page d'accueil et cliquer à nouveau sur Proceed.
Lorsque le mot clé correspondant à la recherche est trouvé, ouvrir un deuxième navigateur, il suffit alors de le "copier/coller" sur le MeSH Browser de PubMed ou sur Advanced Search en ayant choisi MeSH Terms dans Search Field.

Ce qu'il faut savoir

1. L'explosion
Lorsque le mot clé MeSH recherché est, par exemple, "Colitis", l'explosion est automatique. C'est à dire que la recherche est effectuée sur la somme (union = ou) des références indexées avec les termes ci-dessous :

Colitis
   Colitis, Ischemic
   Colitis, Ulcerative
       Megacolon, Toxic
   Enterocolitis
       Enterocolitis, Pseudomembranous
   Proctocolitis

2. La pondération = MeSH Major Topic (focus chez Ovid)
C'est la possibilité de réduire une recherche aux références les plus pertinentes. Lorsque la pondération est utilisée d'emblée, elle réduit le nombre de références d'environ 40% pour une pathologie et 70% pour une technique chirurgicale ; exemple :

sciatica [MeSH Terms] --> 244 documents
sciatica [MeSH Major Topic] --> 146 documents

cholecystectomy [MeSH Terms] -->1308 documents
cholecystectomy [MeSH Major Topic] --> 572 documents

La pondération est à utiliser avec beaucoup de précautions.

3. All Fields
La recherche sur All Fields est nécessaire au moins dans trois cas de figures :

• Lorsqu'aucun mot clé MeSH ne semble pertinent après consultation du thésaurus --> recherche dans les mots du titre et du résumé. (Text words ou All Fields)
• Lorsqu'une recherche par mots clés donne peu de résultats --> recherche dans les mots du titre et du résumé en plus (OR) des mots clés MeSH. (All Fields)
• Pour consulter PreMedline, dont les références ne sont pas encore indexées avec les mots clés MeSH --> recherche dans les mots du titre et du résumé. (Text words ou All Fields)

Cliquer sur Advanced Search et choisir All Fields dans Search Field. Le terme sera alors recherché dans tous les champs : titre, résumé, mots clés explosés (à condition bien sûr d'utiliser des termes MeSH), etc... Penser, pour les mots du titre et du résumé, à utiliser la troncature à droite, pour être le plus complet possible ; exemple : "evalua*", pour récuperer les termes evaluate, evaluation, evaluable, ...etc.

Chaque champ de recherche proposé par PubMed est accessible en mode automatique ou en List Terms. L'accès en List Terms permet l'affichage et la consultation de l'index alphabétique (institution, auteur, nom de journal, langue, mots du titre et du résumé, type de publications, etc...) ou numérique (par numéro de première page, de fascicule, année de publication, ...etc).
Il est possible, à tout moment, de limiter une recherche dans le temps = Pub. Date Limit. La sélection se fait alors sur le champ Entrez Date qui contient la date du jour d'entrée de la référence dans la base (syntaxe manuelle : 1997/01/01:1998/02/01). Il est possible aussi d'utiliser le champ Publication Date (syntaxe : 1996:1998). Cette commande permet notamment de créer des profils réexécutables à volonté sur des périodes librement choisies : quotidiennes, hebdomadaires, mensuelles, ....
Pour effacer les questions en cours cliquer sur Clear All.

4. Limiter une recherche par l'âge

Il est possible de limiter une recherche par l'âge en utilisant les termes MeSH suivants qui sont des "Check Tags" ou "Descripteurs obligatoires". Il conviendra dans ce cas de ne pas exploser et de ne pas utiliser la pondération. Utiliser la syntaxe "Child" [MESH:NOEXP]. Cette commande est accessible à partir de Detailed Display.

Voir aussi la liste complète des descripteurs obligatoires établie par DicDoc de l'INSERM.

5. AIM (abridged index medicus) journals
Pour limiter une recherche aux AIM journals, c'est à dire aux 120 revues de langue anglaise considérées comme majeures en médecine clinique, utiliser la syntaxe, par exemple, "neoplasms AND jsubseta". La recherche sera ainsi limitée aux revues comme le BMJ, Lancet, New England Journal of Medicine, Annals of Internal Medicine, ...

6. Related Articles
Après une recherche par mots clés, lors de l'affichage des références en format court, le lien Related Articles s'affiche en face de chaque référence et permet, par un algorithme, de retrouver les références similaires en comparant mot clés, mots du titre et du résumé. Les références retrouvrées sont classées par ordre de pertinence, et non pas par ordre chronologique. Cette commande permet ainsi de compléter ou d'élargir une recherche en faisant l'économie d'une recherche de mots clés. Toutefois, notamment pour les mots clés d'apparition récente et leur indexation antérieure, Related Articles ne va pas jusqu'à lire les Scope note !

7. Réserves sur le browser
L'expression "heart attack", souvent utilisée pour tester l'efficacité d'un "mapping", produit sur PubMed des résultats quelque peu surprenants puisque le "browser" ne trouve pas "myocardial infarction", alors que la recherche dans le champ "all fields" affiche "("myocardial infarction"[MeSH Terms] OR heart attack[Text Word]) ...

Pour en savoir plus

Quelques exemples de recherches. Les candidats aux recherches complexes peuvent se familiariser avec : Advanced Boolean search et notamment Syntax of Complex Boolean Expressions.

Voir aussi Medline Ovid/Web mode d'emploi.

Benoit Thirion

© Bibliothèque médicale. CHU de Rouen.
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