Tutoriels sur la recherche documentaire en Santé

Voici trois tutoriels consacrés à la recherche documentaire en Santé réalisés avec l’atelier « Recherche et Innovation en Management » à l’occasion des Carrefours du management du CHU de Rouen.

  • Formuler sa question et choisir ses sources d’information (5min42)

  • Utiliser les outils développés au CHU de Rouen (8min42)

  • Utiliser PubMed (6min55)

Des présentations plus courtes de nos outils sont également disponibles ici à la rubrique http://www.chu-rouen.fr/cismef/Aide/.

Filtres et Stratégies pour PubMed

La nouvelle interface de PubMed met notamment en avant les flux RSS et les filtres de recherche personnalisables de MyNCBI.

 

Plusieurs sites proposent des équations de recherche utiles pour ces alertes et ces filtres quand la recherche à partir d’un simple terme MeSH ne suffit pas.

– côté francophone, le site ma-biblio.com alimenté par Philippe Eveilllard propose régulièrement des équations de recherche sur des sujets pointus

– côté anglophone, le blog PubMed Search Strategies propose de longues équations qui pourront être utiles comme filtres de recherche

Côté CISMeF, nous proposons des stratégies de recherche pour un certain nombre de notions non couvertes par les MeSH (voir la liste complète ici) et des filtres par spécialités (ici).

Nouvelle interface de PubMed

La mise à jour attendue de PubMed est maintenant en démonstration à cette adresse :
http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed.

On pourra noter notamment une clarification des options d’affichage (Display settings) et d’export (Send to).

Cette version devrait être définitivement mise en place dans quelques semaines.

[mise à jour 01/10/09] Présentation des nouveautés ici http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so09/so09_pm_redesign.html (en anglais).

PubMed, mettre à profit les filtres de recherche personnalisés

Depuis fin mai, le service My NCBI associé à PubMed (gratuit sur inscription) permet de créer des filtres de recherche personnalisés. Ces filtres permettent d’avoir accès très rapidement à des requêtes usuelles qu’on pourra croiser en 1 clic avec la requête en cours. Voir cette page pour les détails (en anglais) : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj09/mj09_pm_myncbi_collections.html.


Dans cet exemple, la requête "loattrfree full text"[sb] AND French[lang] correspond à la fraction d’articles en français et en accès libre.

Pour créer des filtres correspondant aux spécialités médicales, on peut utiliser cette page : http://doccismef.chu-rouen.fr/liste_des_meta_termes_anglais.html

Une fois la requête lancée vers PubMed, il faudra consulter l’onglet "Details" et copier l’intégralité du texte de l’équation de recherche.

 

Puis coller le texte de cette équation, au sein d’un nouveau filtre de recherche.

 

Une fois activé, l’onglet correspondant apparaîtra au-dessus des résultats de recherche.

 

Dans cet exemple, le filtre permet de cibler les 20% de résultats consacrés à la cancérologie.

Changements de PubMed

[Mise à jour du 15/06/2009] :

Les changements mentionnés dans cet article ainsi qu’un aperçu du futur design de PubMed peuvent être retrouvés en vidéo à cette adresse :

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj09/video/pubmed/pubmed.html

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Liste des changements de PubMed récents ou à venir.

La recherche avancée http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced va devenir l’unique page pour des recherches élaborées au sein de PubMed.
Ce qui entraine logiquement la réorganisation d’autres services :

– Disparition du Single Citation Matcher http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/fref.fcgi?/corehtml/query/static/citmatch.html

– Disparition des onglets Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details

Parmi les changements déjà effectués, on peut citer :

 

– Un changement d’ordre graphique. C’est désormais le titre des articles qui est mis en avant plutôt que les auteurs. L’icône indiquant les articles gratuits a été remplacé par une mention écrite.

 

 
La même référence, ancienne et nouvelle version

 

– De nombreuses informations complémentaires à la simple liste des résultats sont affichées :

En cas de recherche à partir d’un nom de gène des liens vers la base de données Entrez Gene sont proposés.
La colonne de droite accueillent des suggestions de recherche (plus ou moins pertinentes), des liens vers PubMed Clinical Q&A et l’historique des recherches.

 


Note : Ce billet reprend une grande partie du billet Changes to PubMed SOON du blog The Krafty Librarian.

Quelle est la place de la langue française dans PubMed ?

3,4%, c’est à peu près la proportion de français que l’on obtient lorsque l’on fait le rapport entre le nombre total d’articles de PubMed et le nombre d’articles en français.

Mais si on observe l’évolution dans le temps on peut voir que la tendance à la baisse est fortement marquée.

 

 Les données sources :

ALL[sb] french[lang]
tout 18476502

631743

<1951 337181 1
51-55 528811 22762
56-60 544293 66608
61-65 722516 72166
66-70 1004134 74490
71-75 1155885 65518
76-80 1333643 57174
81-85 1515651 55896
86-90 1883492 55654
91-95 2095922 48067
96-00 2370687 43666
01-05 2965099 44265
>2005 2063737 25776

Chiffres du 20/11/2008

Les nouveautés de « Journals » éclairent les sources de MEDLINE

 

Dans le dernier bulletin technique de la NLM on peut découvrir les nouvelles options de recherche disponibles pour la base de données Journals. Cette base de données est une proche parente de PubMed puisqu’elle est constituée des périodiques qui sont, ou ont été, indexés dans PubMed notamment.

Ces nouvelles options de recherche permettent plus de transparence sur le contenu même de PubMed.

Subsets

On peut désormais obtenir la liste des titres qui composent les subsets de PubMed. Ces sous-ensembles apparaissent dans les "Limits" ou la nouvelle recherche avancée.

Pays, langues et statut d’indexation

On peut également en apprendre plus sur la langue, les pays d’édition et le statut d’indexation des titres de MEDLINE.

  • Pour obtenir rechercher les titres par langue, il faut utiliser une requête de ce type : spanish [la]

Bien sûr, on peut croiser ces différents critères :

Ainsi parmi les 5321 titres indexés à l’heure actuelle dans MEDLINE, 89% ont l’anglais comme langue de publication, 2226 sont édités aux Etats-Unis et  1000 en Grand-Bretagne.

Nouveau design pour My NCBI

Annoncée depuis mi-septembre, la mise à jour de My NCBI est désormais en ligne.

Pour rappel ce service (gratuit) fonctionne avec plusieurs bases de données, PubMed notamment.
Il permet de sauvegarder ses requêtes, d’être alerté des nouveautés, de constituer des collections et, dans une certaine mesure, de personnaliser l’interface de recherche en ajoutant des filtres de recherche sous forme d’onglets et des liens supplémentaires vers certains catalogues de bibliothèques.

Les nouveautés sont les suivantes :

– Un nouveau design et une navigation plus claire

– Nouveau service "My bibliography" qui permet aux auteurs de lister leurs propres publications

– Le nombre de recherches ou de collections sauvegardées n’est plus limité

Plus d’informations (en anglais) : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/so08/so08_myncbi_redesign.html

PubMed : le DOI plus visible et une justification du nouvel algorithme

– Le DOI (Digital Object Identifier) est un identifiant unique (et stable contrairement aux URLs) pour les document du Web (sur le point de devenir une norme ISO). Dans le domaine des publications scientifiques c’est l’association crossref  qui gère ces DOIs. Pour mesurer leur importance croissante on peut consulter ces chiffres : http://www.crossref.org/crweblog/2008/07/crossref_indicators_87.html.
PubMed met désormais cet identifiant en avant et affiche le DOI dans ses formats les plus courants.
Plus d’info : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ja08/ja08_doi.html.

– Les modifications récentes (voir ici) de l’algorithme de PubMed ont apparemment suscité suffisamment de débat pour apparaître parmi les questions les plus fréquentes : http://www.nlm.nih.gov/services/pubmed_atm_change.html. L’heure n’est pas à la remise en question manifestement.

PubMed, toujours plus de résultats [mise à jour 03/07/2008]

PubMed vient d’annoncer plusieurs modifications du système d’ « automatic term mapping » (ATM), le système qui interprète les requêtes des utilisateurs.
Ce dernier a été notamment modifié pour inclure par défaut les noms d’auteurs et de journaux ce qui devrait faciliter la recherche à partir d’éléments bibliographiques.

Pour les recherches thématiques, les choses se compliquent puisque ces modifications favorisent très fortement le rappel au détriment de la précision, c’est à dire plus de résultats mais une proportion de références pertinentes plus faible.

Pour les requêtes composées de plusieurs termes, tous les mots sont désormais recherchés y compris si ils sont utilisés indépendamment.

 Sample search for gene therapy.

Old ATM:
« gene therapy »[MeSH Terms] OR gene therapy[Text Word]

New ATM:
« gene therapy »[MeSH Terms] OR (« gene »[All Fields] AND « therapy »[All Fields]) OR « gene therapy »[All Fields]

Avec ces modifications, toutes les références contenant gene et therapy sont incluses aux résultats y compris si ces mots sont utilisés séparément. Cette interprétation pourra poser problème avec les mots les plus courants.

Quelques exemples en chiffres (résultats du 29/05/2008 15h) :

Gene therapy : 90744 (contre 36510 avec l’ancienne interprétation, soit une augmentation de 148%)
hepatitis a : 152418 (contre 19850, + 668% )

[mise à jour 03/07/2008]

Le nouvel ATM a été corrigé pour que les lettres ou les chiffres isolés ne soient plus cherchés séparément.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html

[fin de la Mise à jour]

Gardner Syndrome : 1279 (contre 657, + 94%)

Plus que jamais, les guillemets (pour forcer la recherche d’expression) et les « Limits » (ou le nouveau formulaire de recherche avancée) sont indispensables pour interroger PubMed.

Source : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html