Mise à jour du portail des terminologies de Santé HeTOP

Une nouvelle version du portail des terminologies de Santé HeTOP (Health Terminology/Ontology Portal) vient d’être mise en ligne, après plusieurs semaines de tests ouverts aux utilisateurs.

Il inclut les principales terminologies et ontologies de santé. Il contient plus de 2 millions de concepts disponibles dans plusieurs langues à travers plus de 70 terminologies ou ontologies.

Les nouvelles fonctionnalités sont :

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Tutoriels sur la recherche documentaire en Santé

Voici trois tutoriels consacrés à la recherche documentaire en Santé réalisés avec l’atelier « Recherche et Innovation en Management » à l’occasion des Carrefours du management du CHU de Rouen.

  • Formuler sa question et choisir ses sources d’information (5min42)

  • Utiliser les outils développés au CHU de Rouen (8min42)

  • Utiliser PubMed (6min55)

Des présentations plus courtes de nos outils sont également disponibles ici à la rubrique http://www.chu-rouen.fr/cismef/Aide/.

Le site CISMeF fait peau neuve

Depuis le 15 septembre 2015, vous pouvez naviguer sur le nouveau site web de CISMeF et de l’équipe du SIBM. Les outils restent inchangés, seul le site a évolué pour  faciliter la navigation notamment depuis votre tablette ou votre smartphone.

Parmi les nouveautés :

  • Vous trouverez dès à présent de nouveaux tutoriels pour vous aider dans vos recherches sur Doc’CISMeF ou sur HeTOP,
  • Entrainez-vous à l’utilisation de Doc’CISMeF avec les exercices en images proposés,
  • Accédez aux cours dispensés par l’équipe dans le cadre de la formation de médecine à l’Université de Rouen,
  • Découvrez tous les autres outils développés par le SIBM.
  • Une nouvelle page d’accueil laisse plus de place à nos nouveaux outils, le constructeur de requêtes biomédicales pour interroger PubMed à partir du français et le projet BDBfr, une nouvelle base de données d’articles scientifiques francophones en Santé.

Financement du projet BDBfr (création d’une nouvelle base de données bibliographique médicale en langue française)

L’objectif de ce projet est de mettre, gratuitement sur l’Internet, à la disposition des professionnels de santé une base de données bibliographiques en français, concernant les principaux contenus de santé présents dans les journaux scientifiques principalement, qu’ils soient en accès gratuit ou en accès payant, qu’ils proviennent de supports numériques ou de supports papier.

BDBfr proposera des services à forte valeur ajoutée, notamment autour des technologies sémantiques et de la bibliométrie. Pour cette réalisation, nous avons réuni un consortium avec deux équipes académiques spécialisées en e-santé et trois industriels (Équipe CISMeF du CHU de Rouen, Laboratoire Evalab, Elsevier-Masson, Alicante et SenseGates).

Ce projet a été sélectionné et financé par l’ANR au titre de l’appel à projets générique du Plan d’action 2014, défi « Santé et bien-être »

 

Le site décrivant le projet : http://www.chu-rouen.fr/bdbfr/

Une première version de la base de données est accessible à l’adresse : http://doccismef.chu-rouen.fr/bdbfr.

Le Portail Terminologique de Santé propose le MeSH 2014

Le portail Terminologique de Santé propose désormais le MeSH (Medical Subject Headings : les mots clés de PubMed et CISMeF entre autres) dans sa version 2014 (Traduction Inserm).

304 nouveaux descripteurs ont été ajoutés. Pour rappel, MEDLINE ne revient pas en arrière concernant l’indexation. Ces descripteurs ne peuvent donc servir qu’à trouver des articles très récents.

La liste complète :

Mise à jour du Portail Terminologique de Santé

Le Portail Terminologique de Santé est désormais disponible à l’URL http://www.hetop.eu/. L’acronyme HeTOP signifiant Health Terminology / Ontology Portal.

Le nombre de terminologie accessible par défaut est désormais de 23 (40 après inscription). Les descriptions des ces terminologies sont disponibles à l’onglet "Terminologie" depuis la page d’accueil ou en survolant leur acronyme dans la colonne de gauche.

De nombreuses langues sont maintenant disponibles (chaque terminologie ayant ses propres traductions).

L’onglet Ressources permet maintenant de composer des requêtes complexes via le bouton "construire une requête". Ce dernier ouvre une fenêtre en sur-impression de la page où vous pourrez ajouter au fur et à mesure les termes trouvés dans le portail.

Des options permettent d’utiliser les qualificatifs MeSH ainsi que la pondération.

Par ailleurs, de nombreuses corrections ont été apportées, notamment la possibilité d’utiliser le portail dans plusieurs onglets simultanément.

Mise à jour de l’index alphabétique et des pages de CISMeF visibles par les moteurs de recherche

Parallèlement au moteur de recherche Doc’CISMeF, le contenu de notre catalogue est affiché sur des pages Web thématiques qui sont principalement visitées depuis les moteurs de recherche généralistes ou depuis l’index alphabétique.

Ces pages viennent d’être mises à jour. Leur charte graphique a été rafraichie et leur contenu est maintenant mis à jour au moins une fois par semaine.

 

Ancienne version : /pathol/douleur.html (Archive fournie par Internet Archive)

Nouvelle version : http://www.chu-rouen.fr/page/douleur

Présentation de Doc’CISMeF version mobile

Doc’CISMeF propose maintenant une interface adaptée aux téléphones et tablettes à l’URL : http://doccismef.chu-rouen.fr/mobile.

 

Le titre mène vers les ressources, la loupe vers plus de détails (date, résumé, mots clés…).

 

Le bouton "affiner" permet de choisir des critères pour restreindre le nombre de résultats (éditeur, type de ressources, indexation, pays, année).

 

Le bouton "Liens" permet de poursuivre la recherche vers l’interface mobile de PubMed (traduction vers l’anglais automatique) ou vers Google limité à une sélection de sites médicaux.

 

Trouver des sites d’associations de patients avec CISMeF

Nous recensons dans notre catalogue plus de 2300 associations de patients présentes sur le web. Pour faciliter la découverte de ces sites nous proposons un répertoire à cette URL : http://www.chu-rouen.fr/ssf/assopatientsrep.htm.

Nous avons mis à jour cette page récemment en incluant un moteur de recherche dédié. Vous pouvez y saisir directement le nom d’une pathologie, d’une ville, d’un département.

Quelques exemples : cancer du sein http://goo.gl/ZAA3X , Indre et Loire  http://goo.gl/Le2wB, maladies rares http://goo.gl/D5RwX.

Retour du formulaire de recherche avancée

Le moteur de recherche Doc’CISMeF propose un nouveau formulaire de recherche avancée qui permet de formuler des équations de recherche complexes combinant plusieurs critères.

 

 VOIR LA DÉMONSTRATION VIDÉO

Quelques définitions utiles pour comprendre le formulaire :

  • Explosion

Lorsqu’un terme est explosé, Colite par exemple, cela signifie que la recherche est effectuée sur la somme des références indexées avec les termes ci-dessous :

Colite
colite
ischémique
rectocolite
hémorragique
mégacolon
toxique
entérocolite
entérocolite
pseudomembraneuse
rectocolite

 

  • Opérateurs booléens


Les opérateurs booléens permettent de définir les relations entre des ensembles de résultats.

ET (intersection)
   

SAUF(exclusion)
   
OU (union)
 

  •  Majeur / mineur

Une notion peut être majeure lorsqu’elle est traitée de façon prépondérante. Seuls les mots clés et les types de ressources peuvent être majeurs ou mineurs. On parle également de pondération, c’est la mesure de l’importance d’une notion dans un document.

  • Qualificatifs


Les qualificatifs représentent des concepts généraux employés pour préciser le sens des mots clés. L’ affiliation d’un qualificatif à un mot clé est destinée à mettre en évidence un aspect particulier du concept représenté par ce mot clé et en accroît ainsi la spécificité. Dans une notice de CISMeF, les qualificatifs se distinguent par une écriture particulière, ils sont précédés d’un slash /.
Exemple : asthme/diagnostic.

  • Type de ressource

Caractérise le nature ou le genre de la ressource. Le type de ressource peut être majeur ou mineur. Un document pédagogique peut, par exemple, avoir pour types cours et cas clinique. Cours peut être majeur car il s’agit essentiellement d’un cours et cas clinique en mineur car ce type est considéré comme secondaire.
Voir la liste des types utilisés dans CISMeF.